Theo đó, sĩ quan biệt phái được bổ nhiệm giữ chức vụ lãnh đạo nào thì hưởng mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo quy định cho chức vụ lãnh đạo đó. Nếu một người giữ nhiều chức vụ lãnh đạo khác nhau thì chỉ thực hiện một mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cao nhất. Người được giao quyền đảm nhiệm chức vụ lãnh đạo cũng được trả phụ cấp chức vụ lãnh đạo như người giữ chức vụ lãnh đạo tương ứng.

Trường hợp sĩ quan biệt phái được bổ nhiệm chức vụ lãnh đạo có mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cao hơn trước khi biệt phái thì được hưởng mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo mới kể từ khi quyết định bổ nhiệm có hiệu lực thi hành.

Trường hợp sĩ quan biệt phái được giao chức vụ lãnh đạo thấp hơn chức vụ lãnh đạo trước khi biệt phái thì được bảo lưu mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cũ trong 6 tháng, từ tháng thứ 7 trở đi hưởng theo chức vụ lãnh đạo mới.

Trường hợp sĩ quan đang được hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo mà có quyết định điều động biệt phái đến nơi không có phụ cấp chức vụ lãnh đạo thì được bảo lưu mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cũ trong 6 tháng; thôi hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo từ tháng thứ 7 trở đi.

Phụ cấp chức vụ lãnh đạo được trả cùng kỳ lương hàng tháng và được dùng để tính đóng, hưởng chế độ bảo hiểm xã hội.

Về đảm bảo kinh phí thực hiện chế độ, chính sách đối với sĩ quan biệt phái, Thông tư nêu rõ, đơn vị cử sĩ quan biệt phái bảo đảm tiền lương, các khoản phụ cấp theo lương và phụ cấp chức vụ lãnh đạo (nếu có) đối với sĩ quan biệt phái. Sĩ quan biệt phái thuộc danh sách trả lương của đơn vị nào thì đơn vị đó chi trả cùng kỳ lương hàng tháng.

Trường hợp sĩ quan biệt phái ốm đau, tai nạn hoặc từ trần, đơn vị cử sĩ quan biệt phái chủ trì, phối hợp với cơ quan sử dụng sĩ quan biệt phái bảo đảm chế độ, chính sách đối với sĩ quan biệt phái như sĩ quan đang công tác tại đơn vị…

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 20/4/2015.

Các chế độ quy định tại Thông tư này được thực hiện kể từ ngày Quyết định điều động sĩ quan biệt phái có hiệu lực thi hành.