Thông tư nêu rõ, thương nhân thực hiện hoạt động mua bán, trao đổi hàng hóa tại chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trong khu kinh tế cửa khẩu phải có đủ tài liệu chứng minh nguồn gốc hàng hóa trước khi xuất bán, đảm bảo hàng hóa nhập khẩu đã được nộp đủ các loại thuế ở khâu nhập khẩu theo quy định. Hàng hóa xuất khẩu dưới hình thức mua bán qua biên giới của thương nhân là doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định.

Đối với thương nhân là hộ, cá nhân kinh doanh, hàng tháng phải thực hiện kê khai doanh thu theo hóa đơn vào báo cáo sử dụng hoá đơn và thực hiện nộp thuế GTGT, TNCN phát sinh 1 lần/tháng, chậm nhất là ngày 20 của tháng tiếp theo.  

Đối với thương nhân là doanh nghiệp sử dụng hóa đơn đặt in hoặc hóa đơn mua của cơ quan thuế theo quy định hiện hành, sử dụng hóa đơn điện tử theo lộ trình của cơ quan thuế và phải thực hiện chế độ sổ kế toán áp dụng đối với doanh nghiệp. 

Về kê khai, nộp thuế, thương nhân là doanh nghiệp thực hiện khai và nộp thuế GTGT theo tháng; tạm nộp thuế TNDN theo quý và hết năm thực hiện quyết toán thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính. Doanh thu bán hàng hóa được xác định theo tờ khai thuế GTGT tháng.

Việc khai và nộp thuế theo phương pháp khoán của hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện theo Thông tư 92/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Doanh thu khoán của năm tính thuế được xây dựng trên cơ sở: Mức doanh thu khoán năm trước; mức doanh thu do cá nhân tự khai; cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế; cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan; dự báo tình hình tăng trưởng kinh tế và chỉ số giá; ý kiến tham vấn của hội đồng tư vấn thuế xã, phường, thị trấn.