Phụ cấp lương của cán bộ, công chức, viên chức thực hiện theo quy định  tại Điều 6 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14/12/2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang; bao gồm: Phụ cấp thâm niên vượt khung, phụ cấp kiêm nhiệm chức danh lãnh đạo, phụ cấp khu vực, phụ cấp đặc biệt, phụ cấp thu hút, phụ cấp lưu động, phụ cấp độc hại, nguy hiểm và các chế độ phụ cấp đặc thù theo nghề hoặc công việc.

Ngày 7/7/2011, Chính phủ ban hành Nghị định số 57/2011/NĐ-CP về chế độ phụ cấp công vụ cho cán bộ, công chức làm việc tại các cơ quan Đảng, Nhà nước, tổ chức chính trị-xã hội; khi thôi không làm việc trong các cơ quan trên thì thôi hưởng phụ cấp công vụ. Do vậy, phụ cấp công vụ không làm căn cứ để tính phụ cấp kiêm nhiệm quản lý dự án.