Về vấn đề này, Cục thuế TP. Hải Phòng có ý kiến như sau:

Về phụ cấp được trừ khỏi thu nhập chịu thuế

Theo quy định tại điểm b, khoản 2, Điều 2 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Luật Thuế TNCN, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế TNCN và Nghị định số 65/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Thuế TNCN và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNCN thì:

"Thu nhập từ tiền lương, tiền công là thu nhập người lao động nhận được từ người sử dụng lao động, bao gồm:

a) Tiền lương, tiền công và các khoản có tính chất tiền lương, tiền công dưới các hình thức bằng tiền hoặc không bằng tiền.

b) Các khoản phụ cấp, trợ cấp, trừ các khoản phụ cấp, trợ cấp sau:

... b.11) Phụ cấp đặc thù ngành nghề.

Các khoản phụ cấp, trợ cấp và mức phụ cấp, trợ cấp không tính vào thu nhập chịu thuế hướng dẫn tại điểm b, khoản 2, Điều này phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định.

Trường hợp khoản phụ cấp, trợ cấp nhận được cao hơn mức phụ cấp, trợ cấp theo hướng dẫn nêu trên thì phần vượt phải tính vào thu nhập chịu thuế...".

Phụ cấp đặc thù ngành nghề đối với giáo dục

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế tại khoản 10.2, Công văn số 1381/TCT-TNCN ngày 24/4/2014 về Danh mục tổng hợp các khoản phụ cấp, trợ cấp do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền ban hành làm cơ sở xác định thu nhập chịu thuế TNCN từ tiền lương, tiền công quy định phụ cấp đặc thù ngành nghề đối với giáo dục, gồm:

- Phụ cấp thâm niên đối với nhà giáo đang giảng dạy, giáo dục ở các cơ sở giáo dục công lập và các học viện, trường, trung tâm làm nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng thuộc cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị-xã hội đã được chuyển xếp lương theo Nghị định số204/2004/NĐ-CP ngày 14/12/2004. Mức tính: Đủ 5 năm (60 tháng) được hưởng 5% mức lương hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có); từ năm thứ sáu trở đi, mỗi năm (đủ 12 tháng) được tính thêm 1% theo quy định tại Nghị định số 54/2011/NĐ-CP ngày 4/7/2011 của Chính phủ quy định chế độ phụ cấp thâm niên đối với nhà giáo và Thông tư liên tịch số68/2011/TTLT-BGDĐT-BNV-BTC-BLĐTBXH ngày 30/12/2011 hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 54/2011/NĐ-CP.

- Phụ cấp ưu đãi đối với nhà giáo đang trực tiếp giảng dạy trong các cơ sở giáo dục công lập. Mức tính: Gồm 6 mức: 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, được tính trên mức lương theo ngạch, bậc hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo, phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) theo quy định tại Quyết định số 244/2005/QĐ-TTg ngày 6/10/2005 của Thủ tướng Chính phủ về chế độ phụ cấp ưu đãi đối với nhà giáo đang trực tiếp giảng dạy trong các cơ sở giáo dục công lập và Thông tư liên tịch số 01/2006/TTLT-BGDĐT-BNV-BTC ngày 23/1/2006 hướng dẫn Quyết định số 244/2005/QĐ-TTg.

Như vậy, trường hợp ông Phát có các khoản phụ cấp đặc thù ngành nghề đối với ngành giáo dục được Trường Cao đẳng Kinh tế và Công nghệ Thực phẩm chi trả thì liên hệ với Tổ chức trả thu nhập là Trường Cao đẳng Kinh tế và Công nghệ Thực phẩm để được xác định chính xác phần thu nhập được trừ khỏi thu nhập chịu thuế TNCN theo mức quy định tại Công văn số 1381/TCT-TNCN của Tổng cục Thuế.

Về việc hoàn số thuế TNCN đã nộp thừa

Theo Điều 53, Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính quy định hoàn thuế TNCN: "Đối với cá nhân đã uỷ quyền quyết toán thuế cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay thì việc hoàn thuế của cá nhân được thực hiện thông qua tổ chức, cá nhân trả thu nhập".

Theo báo cáo của Chi cục Thuế Đồ Sơn, trong hồ sơ kê khai quyết toán thuế TNCN của Trường Cao đẳng Kinh tế và Công nghệ Thực phẩm có kê khai ông Vũ Văn Phát đã ủy quyền cho Trường quyết toán thay.

Như vậy, Trường Cao đẳng Kinh tế và Công nghệ Thực phẩm khi thực hiện quyết toán thuế thay cho các cá nhân có ủy quyền quyết toán, nếu sau khi bù trừ số thuế nộp thừa, thiếu của các cá nhân mà có số thuế nộp thừa cần được hoàn trả thì nhà trường lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điều 53 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính, gửi tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp là Chi cục Thuế Đồ Sơn để được hoàn thuế.