Về địa điểm làm thủ tục hải quan, Thông tư nêu rõ, đối với phương tiện vận tải đường biển, địa điểm tiếp nhận, đăng ký và kiểm tra hồ sơ hải quan gồm:  Trụ sở cơ quan hải quan thông qua Cổng Thông tin điện tử Tổng cục Hải quan; Trụ sở chính hoặc Văn phòng đại diện Cảng vụ hàng hải nơi có cơ quan hải quan trong trường hợp bất khả kháng không thực hiện được thủ tục hải quan điện tử (phải thực hiện thủ tục hải quan bằng hồ sơ giấy); Tại tàu thuyền theo yêu cầu của Cảng vụ hàng hải trong trường hợp có đủ cơ sở để nghi ngờ tính xác thực của việc khai báo về kiểm dịch của tàu thuyền hoặc tàu thuyền đến từ những khu vực có dịch bệnh liên quan đến người, động vật hoặc thực vật. Còn địa điểm kiểm tra thực tế phương tiện vận tải là tại cửa khẩu nơi phương tiện vận tải neo đậu theo chỉ định của Giám đốc Cảng vụ hàng hải.

Đối với phương tiện vận tải đường hàng không quốc tế, làm thủ tục hải quan tại trụ sở cơ quan hải quan tại cảng hàng không dân dụng quốc tế.

Đối với phương tiện vận tải đường sắt liên vận quốc tế, làm thủ tục hải quan tại trụ sở cơ quan hải quan tại ga đường sắt liên vận quốc tế.

Đối với phương tiện vận tải đường bộ, đường thủy nội địa, thủ tục hải quan được thực hiện tại trụ sở cơ quan hải quan tại khu vực cửa khẩu đường bộ, đường thủy nội địa; địa điểm kiểm tra chung giữa Hải quan Việt Nam với Hải quan các nước láng giềng tại khu vực cửa khẩu đường bộ.

Về người khai hải quan, đối với phương tiện vận tải đường biển, thuyền trưởng hoặc người đại diện hợp pháp của người vận tải (Hãng tàu hoặc Đại lý hãng tàu) chịu trách nhiệm khai và làm thủ tục hải quan; Trường hợp Hãng tàu hoặc Đại lý hãng tàu không có đầy đủ thông tin chi tiết về vận đơn gom hàng như mô tả chi tiết hàng hóa, người gửi hàng, người nhận hàng thì Công ty giao nhận phát hành vận đơn đó có trách nhiệm tạo lập, gửi thông tin điện tử chi tiết về vận đơn gom hàng đến Cổng thông tin điện tử Tổng cục Hải quan.

Đối với phương tiện vận tải đường hàng không quốc tế, người khai hải quan là cơ trưởng hoặc người đại diện hợp pháp của người vận tải (Hãng hàng không hoặc Đại lý hãng hàng không) chịu trách nhiệm khai và làm thủ tục hải quan.

Trường hợp thực hiện thủ tục hải quan điện tử, nếu Hãng hàng không hoặc Đại lý hãng hàng không không có đầy đủ thông tin chi tiết về vận đơn gom hàng như mô tả chi tiết hàng hóa, người gửi hàng, người nhận hàng thì Công ty giao nhận phát hành vận đơn đó có trách nhiệm tạo lập, gửi thông tin điện tử chi tiết về vận đơn gom hàng đến Cổng thông tin điện tử Tổng cục Hải quan.

Đối với phương tiện vận tải đường bộ quốc tế, người khai hải quan là người điều khiển phương tiện vận tải hoặc Đại lý của người vận tải…

Đối với phương tiện vận tải đường sắt liên vận quốc tế, trưởng ga ga liên vận quốc tế hoặc Trưởng tàu hoặc người được Trưởng ga hoặc Trưởng tàu ga liên vận quốc tế ủy quyền thực hiện khai hải quan.