Theo đó, để tăng cường công tác kiểm tra thuế trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro nhằm phát hiện và ngăn chặn, xử lý kịp thời những vi phạm, cũng như nâng cao tính tự giác tuân thủ pháp luật của người nộp thuế, Tổng cục Thuế sẽ lựa chọn tối thiểu 20% số doanh nghiệp đang hoạt động để kiểm tra hồ sơ kê khai thuế. Trong đó, có 15% doanh nghiệp được lựa chọn bằng phần mềm ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế theo rủi ro và 5% doanh nghiệp được các cục thuế lựa chọn thông qua dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế, khai sai số thuế phải nộp. 

Nhằm tạo điều kiện cho các doanh nghiệp phát triển sản xuất kinh doanh, tránh việc kiểm tra chồng chéo giữa các cơ quan quản lý nhà nước, quy trình mới nêu rõ 5 trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, đó là: kiểm tra hồ sơ khai thuế; kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm; kiểm tra hoàn thuế; kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề và kiểm tra khác.

Đối với trường hợp kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề và kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 1 lần trong một năm. Trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế và kiểm tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế, cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình, cung cấp thông tin tài liệu như trường hợp kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế. Đối với các doanh nghiệp chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa, đóng mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền, được áp dụng linh hoạt các hình thức kiểm tra.

Các loại hồ sơ khai thuế nhà thầu nước ngoài; nộp tiền thuế sử dụng đất khi được giao đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp; thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, tiền thuê đất; thuế môn bài; lệ phí trước bạ; phí và các loại lệ phí khác thì việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện trên cơ sở rủi ro về thuế.

Tổng cục Thuế quy định rõ, khi kế hoạch kiểm tra chuyên đề, kiểm tra hàng năm của cơ quan thuế cấp dưới có sự chồng chéo với kế hoạch kiểm tra, thanh tra của cơ quan cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của cơ quan cấp trên. Trường hợp hoạt động kiểm tra tại địa phương có sự trùng lặp với kế hoạch, kiểm tra về thuế của thanh tra tỉnh, Sở Tài chính, cơ quan thanh tra địa phương thì Cục trưởng Cục Thuế phối hợp với Chánh Thanh tra tỉnh, Giám đốc Sở Tài chính để giải quyết.

Việc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được tiến hành chậm nhất là 10 ngày làm việc, kể từ ngày ban hành quyết định kiểm tra thuế. Trong quá trình thực hiện đoàn kiểm tra được quyền kiểm tra tài sản, vật tư, hàng hóa, xem xét chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan, tuyệt đối không được yêu cầu người nộp thuế cung cấp các tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra.

Thời hạn kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế bị giới hạn không quá 5 ngày làm việc thực tế, kể từ ngày bắt đầu công bố quyết định kiểm tra. Trong trường hợp xét thấy cần phải kéo dài thời gian để xác minh, thu thập tài liệu, trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra. Mỗi cuộc kiểm tra chỉ được bổ sung thêm thời hạn kiểm tra một lần. Thời gian bổ sung không quá 5 ngày làm việc thực tế.