Tổ chức các Phòng, Ban, Khoa, Trung tâm, Văn phòng (Phòng) là một cấp hành chính trong hệ thống tổ chức các đơn vị thuộc Bộ. Theo Nghị định số 22/2013/NĐ-CP và các văn bản có liên quan về tổ chức bộ máy, 32/34 đơn vị thuộc Bộ được cơ cấu tổ chức thành các Phòng và tương đương. Trong thời gian qua, cùng với việc kiện toàn tổ chức của Bộ, tổ chức cấp Phòng các đơn vị thuộc Bộ cũng đã được củng cố, kiện toàn. Tuy nhiên, tổ chức cấp Phòng cũng dẫn đến những thách thức trong việc phát huy đồng đều vai trò của các cấp từ Thủ trưởng đơn vị đến chuyên viên trong quy trình giải quyết công việc. Cùng với đó là tiềm ẩn các vấn đề khép kín, hạn chế trong phối hợp, liên thông thông tin, tổ chức công việc giữa các Phòng trong giải quyết công việc. Đại diện các đơn vị thuộc Bộ tham gia họp cho rằng cần quan tâm đến việc sử dụng cơ chế làm việc theo cấp Phòng và cơ chế làm việc trực tiếp giữa Thủ trưởng với chuyên viên, đặc biệt là đối với những việc có chuyên môn sâu, đòi hỏi cán bộ tham mưu thực hiện phải có trình độ, kinh nghiệm. Thực tế có trường hợp thành lập Phòng không trên cơ sở tiêu chí cụ thể dẫn đến khối lượng công việc giữa các Phòng không hợp lý có thể làm cho chính sách và quyền lợi của cán bộ theo đó cũng có sự khác biệt. Và đây là nguyên nhân dẫn đến những tâm lý lựa chọn, mong muốn làm việc ở Phòng này hay Phòng khác.

Nhận thức rõ về những thách thức trong tổ chức công việc của cấp Phòng, đại diện của các đơn vị cũng bày tỏ sự thống nhất cao về vai trò của tổ chức cấp Phòng trong tổ chức công việc một cách khoa học, bài bản. Đội ngũ cán bộ lãnh đạo cấp Phòng thực hiện tốt trách nhiệm giúp Lãnh đạo đơn vị trong việc quản lý, tổ chức công việc, giảm tải bớt các việc sự vụ cụ thể cho Lãnh đạo đơn vị. Việc quản lý công việc cấp Phòng cũng là phương thức để rèn luyện, xây dựng đội ngũ cán bộ lãnh đạo, quản lý của Bộ trong thời gian dài hạn. Các đơn vị khẳng định việc tổ chức cấp Phòng đã góp phần quan trọng trong việc hoàn thành các nhiệm vụ của đơn vị và của Bộ nói chung trong điều kiện khối lượng công việc của Bộ trong những năm gần đây đã tăng lên đáng kể với sự mở rộng về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, phạm vi và đối tượng quản lý.

Trên tinh thần đánh giá khách quan về những kết quả đạt được và những thách thức, hạn chế trong tổ chức và hoạt động của cấp Phòng, đại diện các đơn vị thống nhất tiếp tục duy trì tổ chức và nhấn mạnh đến việc phải có giải pháp để nâng cao hiệu quả hoạt động của cấp Phòng thuộc các đơn vị thuộc Bộ Tư pháp, trong đó đặc biệt là việc đề cao trách nhiệm của Thủ trưởng các đơn vị thuộc Bộ trong quản lý, điều hành, xác định rõ quy chế, trách nhiệm của các đơn vị, cá nhân trong tổ chức triển khai công việc; đồng thời thực hiện nghiêm túc, khách quan việc đánh giá cán bộ lãnh đạo cấp Phòng khi bổ nhiệm, bổ nhiệm lại cán bộ. Theo ý kiến trao đổi của đại diện các đơn vị thuộc Bộ tại Tọa đàm, Vụ Tổ chức cán bộ sẽ tiếp thu, hoàn thiện Báo cáo đánh giá về tổ chức và hoạt động cấp Phòng các đơn vị thuộc Bộ để báo cáo Lãnh đạo Bộ.