Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Về việc quyết toán tiền thuê đất

Tại khoản 3, Điều 15 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP của Chính phủ quy định: "Dự án thuê đất, thuê mặt nước trả tiền thuê hàng năm không thuộc trường hợp quy định tại Khoản 7 Điều này mà thời điểm điều chỉnh đơn giá thuê đất, thuê mặt nước trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành nhưng chưa thực hiện điều chỉnh thì được thực hiện điều chỉnh theo quy định tại Nghị định này cho thời gian thuê đất còn lại. Đối với thời gian đã sử dụng đất nhưng chưa thực hiện điều chỉnh đơn giá thuê đất thì thực hiện điều chỉnh theo chính sách, pháp luật của từng thời kỳ để thực hiện thanh, quyết toán tiền thuê đất".

Tại nội dung thứ tự 3 điểm 1 Công văn số 913/BTC-QLCS ngày 21/1/2015 của Bộ Tài chính có hướng dẫn: "Trường hợp dự án thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm mà thời điểm điều chỉnh đơn giá thuê đất trước ngày Nghị định số 46/2014/NĐ-CP có hiệu lực thi hành nhưng chưa thực hiện điều chỉnh thì thực hiện điều chỉnh theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP cho thời gian thuê đất còn lại, thời gian ổn định đơn giá thuê đất 5 năm tính từ thời điểm phải điều chỉnh đơn giá thuê đất trước ngày 1/7/2014. Đối với thời gian sử dụng trước ngày 1/7/2014 nhưng chưa thực hiện điều chỉnh đơn giá thuê đất thì cơ quan thuế thực hiện xác định tiền thuê đất theo chính sách pháp luật từng thời kỳ để thanh, quyết toán tiền thuê đất”.

Trường hợp doanh nghiệp đã có hợp đồng thuê đất ký tháng 7/2007 theo Nghị định số 142/2005/NĐ-CP của Chính phủ, số tiền thuê đất phải nộp là 150 triệu đồng/năm, doanh nghiệp đã nộp tiền thuê đất theo thông báo của Chi cục Thuế từ năm 2007 đến năm 2013 với số tiền theo hợp đồng đã ký là 150 triệu đồng/năm, đến tháng 11/2014 doanh nghiệp chưa làm thủ tục điều chỉnh đơn giá thuê đất theo quy định của Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30/12/2010 của Chính phủ, cơ quan thuế sẽ thực hiện điều chỉnh và thanh, quyết toán tiền thuê đất của doanh nghiệp theo các quy định nêu trên.

Về việc giảm tiền thuê đất

Việc giảm tiền thuê đất theo Nghị quyết 02/NQ-CP của Chính phủ đã được Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện tại Điều 6 Thông tư số 16/2013/TT-BTC ngày 8/2/2013 của Bộ Tài chính.

Theo nội dung câu hỏi, thì doanh nghiệp phải điều chỉnh đơn giá thuê đất cho kỳ ổn định tiếp theo từ ngày 1/7/2014 theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP, nhưng 6 tháng đầu năm 2014 lại nộp tiền thuê đất theo Nghị định số 121/2010/NĐ-CP. Như vậy, thời điểm áp dụng đơn giá thuê đất kỳ trước là ngày 30/6/2009 theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP và được ổn định 5 năm từ ngày 30/6/2009 đến hết ngày 30/6/2014. Tuy nhiên theo nội dung câu hỏi thì doanh nghiệp lại nộp tiền thuê đất 6 tháng đầu năm 2014 theo Nghị định số 121/2010/NĐ-CP, vì vậy chưa có căn cứ để trả lời. Đề nghị doanh nghiệp liên hệ với cơ quan thuế trực tiếp quản lý thu tiền thuê đất (nơi có đất thuê) để được giải đáp.